木星通信 @irakusa

紙屑が発信するごみサイトです。

タグ: STAP-MTA



私が原本の129/Svの日付を改ざんしたと騒いでいた「ひさまつ」氏は何だったんでしょう?
この開示文書がよほど困る人達の差し金でしょうか?
STAP-MTAの129/Svの日付が間違っていたのは、理研のタイプミスでした。


CCI00STAP-mta


再契約により129/Sv樹立日が2012年8月13日に変更になりました。
 


ccc-stapmta

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 ひさまつ氏は最初は日付を改ざんと指摘していたがいつの間にか木星が文書にロゴを入れたので
文書偽造にあたるのでは、指摘事実をすり替えている。
文書を改ざんしたとの事実を掴んでいれば、こうはならない。
この指摘は、木星が出した開示文書の信用を貶め、かつ木星の
ブログ上での指摘を無意味にするための悪質なネガティブキャンペーンだ。

 これは証拠を見せず、こっそりと後ろから相手の悪い噂を流す魔女狩りの方法で
小保方博士への攻撃方法と似ている。
何度も書くが、小保方博士が窃盗をした証拠は何一つあがっていない。
ただの噂で、石川智久氏の告発も小保方博士指名では受け付けられなかった。

 ひさまつ氏は理研のミスプリではないとし、理研にも確認を取ったとしている。
だれのどこに確認したのだろうか。 

 
20)

ひさまつ氏のフォローメンバー

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 Jさんからの情報提供です。2014年3月27日の速報記事。

03)

若山博士はアメリカのサイエンスジャーナリストの取材にこう答えました。

出典 
 Wakayama said via email. He made stem cells from the STAP cells she said came from 129 mice. But he never made chimeras from the 129 cells, as stated in the paper (and Niwa protocol).


若山は、電子メールを介して言いました。「彼は彼女が129マウスから由来したと言ったSTAP細胞から幹細胞を作りました。論文(そして丹羽プロトコル)に記載されているように。しかし、彼は決して、129細胞からキメラを作っていないのです。」

Jさんの訳。

小保方氏が129マウスから出来たと称するSTAP細胞から幹細胞を樹立はしたが、その幹細胞(或いはSTAP細胞)からキメラは絶対作成していない」

 Wakayama said via email. He made stem cells from the STAP cells she said came from 129 mice. But he never made chimeras from the 129 cells, as stated in the paper (and Niwa protocol).

“I gave 129 mice to Dr. Obokata. Then, Dr. Obokata generated STAP cells from those mice, and gave me two STAP cells. I do not know how many STAP cells were generated at that time. I got just two. Then, I established two STAP stem cell lines from those two STAP cells. However, I did not make chimera from those cell lines. Then I left RIken." In another email he clarified: "

「私は小保方博士に129を与えました。その後小保方博士はこれらのマウスからSTAP細胞を生成し、(中略)その後私はそれらのSTAP細胞から二つのSTAP幹細胞株を樹立しました(AC129 1-2)それらの細胞株からキメラを作りませんでした。」
I left Riken one year ago.

私は一年前、理研を去りました。

Then we could not (establish) contact well between authors. Maybe Dr. Sasai, who wrote the papers, thought that I did chimera experiment of 129.”

その後、我々は著者達との間で樹分な接触を出来ませんでした。
論文を書いたのは多分、笹井博士で、「私はキメラの実験を行ったと思ったのでした。」 
 
00)

 Jさんが見つけた若山博士とサイエンスジャーナリストとのやり取りです。

Breaking News: Growing Concerns Over STAP Cell Sources

  これを簡単に訳す限り、今までのSTAP細胞報道見ていての感想は、「三年近くもSTAP細胞の実験をしていながら何故こんなに混乱した論文作製になったのだ」というものです。

129/Svでも多能性を試した、という論文の箇所はJさんが説明してくれました。__引用__

 「論文では129でキメラで多能性を確認とありました」というのは、Articleのメソッドの
>C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.
の部分のことですね。

 ここは微妙なところで、B6,129,129B6F1すべてにキメラ形成能が示されているとしていながらも、129からのキメラ作成のデータが論文内にないということは、ここのメソッドを書いた人(129/Sv carrying Rosa26-gfpという特殊なマウスを知っている人、小保方氏でもなく若山氏でもなくおそらくは笹井氏?)が小保方氏・若山氏とで確認がうまく出来ていないまま論文提出されてしまったということかと。(しかしこれは「捏造」ではなく単なるミスでしょう)
 」
__引用終わり__

 STAP-MTAには129/SvでAC129を作ったと書いてありますから、129/SvはSTAP実験に使われていた、しかし、キメラは作られていなくて、多能性は確認されていない、のであればJさんが示してくれた 「
C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.」と矛盾します。

 129/Sv carrying Rosa26-gfpを誤記の元129/Svであるとして考えるとそうなります。
若山博士は理研から山梨大に試料129/Svを移管し、それを解析に出して中身が129B6F1だったとして論文撤回理由の一つにしました。
小保方博士がマウスを実験中にすり替えた、ポケットに入れて持ち込んだ・・・
小保方バッシングの着火点であった若山博士の告発でした。

 STAP-MTAの樹立日記載ミスもそうですが、この<129/Sv樹立AC129-1と2>は存在が非常に怪しいです。
論文共著者が論文投稿まで連絡が取れてないというのも耳を疑う話しです。
なぜこんな大事な研究論文がそれぞれのパートで分断されていたのか。


 Jさんは「AC129の件についての問題のポイントは「129/Svで本当に実験があったかどうか」というよりも、若山氏がGFPマウスの遺伝子チェックをせずに"129/Sv-GFP"の実験をしたことかと思います。

 今まで若山研維持の129 CAG-GFPのマウスやESの遺伝子解析をしたことがなかったとはとても思えません。(若山氏はマウスの繁殖管理は見た目だけと会見で言っていて管理が杜撰とはいえないと妙な強弁をされていましたが)129/SvJの過去の遺伝的汚染の件や129 CAG-GFPが129B6F1との戻し交配で関係を持っていることは分かっていた筈で、遺伝子解析で129B6F1の結果が出たから即有り得ない(マウスや別細胞のすり替えの可能性)と騒ぎ立てた氏の非科学的な見識こそ責めるべきかと。

 (少なくとも第18染色体のCAG-GFPは若山研にしかないと会見で言っていて、つまりAC129は少なくとも若山研マウス由来であることは確実になったはずなのに、謝罪も碌にできない氏はなんなのかと。」

 と私の「AC129=試料129/Svは元々129B6F1」だ!と騒いでいる件について、アドバイスしてくれました。

 若山博士の論文撤回理由の一つ、GFPを入れた目印の染色体の番号が違った細胞が戻って来た、自分の研究室にいるマウスではない、という撤回理由は消えました。

 残るは129/Svを渡したら129B6F1が戻って来た、だけです。
この論拠が崩れた時、小保方博士バッシングの潮目が大きく変わるのではないか、と木星は考えています。
カスの固まりみたいなこの木星を見かねてか、力強い助言やスキルの高い翻訳をして下さる方にも恵まれました。もう少し、この怪奇な事件の真相に迫って見たいと思います。

 まだしばらくこの木星通信におつきあい下さい。






翻訳協力:ゲノム名無しさん。



 
 
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 AC129の件、外見だけ129/Svで、中身の遺伝子的には129X1B6F1と考えてはどうでしょうか?[補①]
 

AC129ではGFP付与は若山氏が自ら付与し小保方氏に手渡したそうですが、その際遺伝子の確認とかしていなさそうで、GFPの付与も遺伝子操作での直接挿入ではなく、GFPマウスとの戻し交配で129/SvGFPを付与したと思われます。[補②]
 

 ここでおかしいと思われるのは、普通はどんな戻し交配をしようとも、遺伝子的にはGFPの部分だけが別マウスで以外は元の129/Svのままになっているはずと思われますが、以下のデータ(a)

ttp://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/fig_tab/nature15366_SF1.html

STAPの各種幹細胞・GFPマウスのSNP patternsですが、B6 cag-GFPマウスのようにcag-GFPの部分(18染色体の青線)だけが戻し交配相手の129/129で以外はすべてB6/B6となるのが通常です。


 しかし129 cag-GFPマウスのを見てわかるように、B6/B6の痕跡が多数(性染色体chrXにまで)残っており、しかもそのパターンはAC129,129B6F1ES,FLS3,129/GFPES,CTS1,FES,ntESGにも共通して見られます。[補②]
 

 129/SvGFP付与した戻し交配相手はおそらく129B6F1-GFPに近い戻し交配用の作業マウス129X1B6F1[補③]と思われますが、その共通する遺伝的不均一性が残り続けています。[補④]

そして問題なのは、遺伝子解析でマウスの種類を判別する箇所が、外見と解析できるSNP patternsとで違う場合に、どちらを検出しているのかということです。
 

 AC129では、それが完全に129/Svではないといえる所まで遺伝子解析されていないのではないか、実はAC129129B6F1-ESとは、戻し交配元の遺伝子部分が共通なのであって、他に決定的にマウス種類で異なる箇所が見落とされている(或いは無視?隠蔽?)のではないかと。


 これは、FES1にも同じパターンで、FES1の母親マウスが大田氏記憶で129/+Terだったのが遺伝子的に129/X1と判定されたのも同様なのではないかと。

大田氏のFES1にこの遺伝的不均一性がある事は、有り得ないからFES1はすり替えられた偽物説もありますが、この特異な遺伝的不均一性をもつ若山研維持のおそらく戻し交配用作業マウスが古くからいて[補⑤]、交配でも優位に残り続けるのができていた?と考えてもいいのではないかと。(FLSの場合は、その戻し交配用作業マウスにFES1の系統が混入していた過去があったのではと憶測)

AC129129/Svかどうかは、遺伝子解析で安易に129X1B6F1の痕跡ばかりを見るよりも、実際に若山氏が129/SvGFP付与したのと同じ戻し交配用作業マウス使用で129/Sv-GFPを作成し、その遺伝子をAC129と比較するとか、或いはAC129129B6F1-ESをクローンニングで再生して外見を見るとかすればわかると思うのですが。

(これは若山氏の責任であり、若山氏が確認すべきことですね )


------

[補①]

129/Svの名称について整理しておくと、129/Sv,129/SvJ,129X1/SvJ,129X1はすべて同じで(129/Svを元にした129X1-***という亜種もありますが)、若山氏は会見ではSTAPで使用された129はすべて"129/Sv-GFP"AC129の試料記録には"129 CAG-GFP"としており、桂調査報告では"129X1"と表記されている。

桂調査報告で理研cdbに導入された記録や飼育記録がないとされるのは"129/Sv carrying Rosa26-gfp"で、普通の129/Svは居たはずで、若山氏が誤記というのは"carrying Rosa26"の部分かと。

STAP論文のletterfig4"B6GFP×129/Sv"とあるのは奇妙で、fig4129GFPなら129/SvGFPと表記され、129B6F1GFPなら若山氏会見のように129B6F1"129/Sv-GFP×B6-GFP"となるはず(桂調査報告でfig4AC129である可能性が高いと決め付けられたが、若山氏はAC129からキメラは作成していないと言っている)


[補①]

若山氏が自らGFP付与したというのは、stap用に市販の129/SvGFP付与して新たな"129 CAG-GFP"を用意したということなのか、若山氏が1999年に129/Svに付与した若山研維持の129 cag-GFPマウスの系統をそのままAC129として渡したということなのかは不明。


[補②]

この共通の遺伝的不均一性については、129/SvJは過去に他の系統との交雑による遺伝的な汚染があったそうで、日経サイエンス(20153月号)では

129X1マウスのルーツを遡って調べたところ、20年以上前に、このマウス集団を飼っていた米ジャクソン研究所でB6マウスが紛れこむ事故があったことが判明した。ならばこれは、129X1マウスに共通に見られる特徴と考えていい。」として、単純に市販の129X1に共通して残っている特徴として片付けられているが、その遺伝的な汚染が若山研産の遺伝的不均一性と同じものかどうかは不明。(遠藤解析では原系統がB612920代交配してGFPを残そうとした戻し交配が不完全だったかと解釈されていた)

しかし129/SvJは他の系統(B6)との交雑による遺伝的な汚染があった経緯がありながら外見は129/Svのままであったわけで、市販の129/Svが既に遺伝的にB6が混じっていても外見が129のままであるという特殊性を持っていることを示している。


[補③]

戻し交配は、継ぎたい遺伝子(GFP)を有している♂と戻したい遺伝的背景を持つ♀を掛け合わしていくが、桂調査報告では129cag-GFPマウスは1999年に若山氏により129X1/Svとの戻し交配よりB6CAG-GFPより遺伝的背景を129に置き換えたものとされていて(若山氏が遺伝子操作で第18染色体にGFPを挿入されたというCAG-GFPの直接の系統ではない)、また現在のB6cag-GFPマウスの第18染色体のGFP部分が129/129領域であることから、B6cag-GFP自体が(別の?)129GFPとの戻し交配でGFP付与されたものと思われ、この129にもB6にも両方にGFP付与を行ない得れるような作業マウス129X1B6F1が用意されて、つまり129/Sv129B6F1にしてから戻し交配されたと思われる。


[補④]

この129cag-GFPマウスとAC129との違いは、129cag-GFPマウスでは129/129の領域がAC129ではB6/129であり、第6染色体のB6/129AC129ではほぼ同領域(短い)ながらB6/B6となっています。

若山氏がこの現在のSNP patternsと同じ129cag-GFPマウスをAC129として渡していたのなら、その部分も同じになっていなければなりませんが、しかし現在若山研維持の129cag-GFPマウスが20125月時点のAC129129B6F1ESの元の129cag-GFPマウスとは異なっている(繋がりがない)ことは桂調査報告で判明している。(AC129,129B6F1ES16にすべてある構造変異(欠失1,欠失2)がその親(の系統)にもあるはずが現在若山研維持の129cag-GFPマウスになく、また現在若山研維持のB6cag-GFPマウスも欠失1がない事から20125月時のとは繋がりがない)

129でありながら6染色体chr6B6/129領域が不自然に残っていることは、20125月時点の129/Sv-GFP129B6F1-GFPESSNP patternsに近く、現在若山研維持の129 cag-GFPマウスはそこからB6/129領域を129/129に第6染色体のB6/B6領域の一部をB6/129に戻し交配で置き換えられたものかと憶測される。


[補⑤]

桂調査報告では、ES細胞FES1と同時に樹立されたES細胞FES2ntESG12での第6染色体,11染色体で、B6/129B6/B6に、129/129B6/129に一部共通する特異なSNPsパターンの相違があることは、FESntESGの親のGFPマウスではこれらの領域がB6SNPsのものと129SNPsを持つものが併存していたと推定されている。





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もう一回書いておきますね。


この桂調査委に示された
wakayama129sv3

はレター論文でもアーティクル論文でもAC129が使われた、と書いてあります。
(可能性ですけど・・・可能性って・・・)
つまり、文言を<解析>すると、レター論文のFig4に使われ云々とアーティクルに使われた129/Sv
から樹立したSTAP幹細胞はAC129だと書いてあります。

つまり、129/Sv Rosa26-GFPからは作られてないけど、129/Svから樹立したSTAP幹細胞だよ、と書いてあります。つまり、レター論文とアーティクル論文に使われたのはマウス129/Svで、【白いマウス】 のはずだ、と木星は主張します。そして、129でキメラマウスを作ったデータがないとのリーク情報を受けました。

ですので、STAP=MTA記載の129/Svは中身が元々129B6F1だった。
(STAP-MTA 129/Sv=129B6F1)=(129/Sv=129B6)を維持します。 

よって若山博士は小保方博士に129/Svを渡していないという回答_推察も維持します。

 
 
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 桂報告書について。

 桂報告書は「郢書燕説・一口両舌」で「あれは科学的検証の報告書の体をなさない」と訴える人が居ないのが驚きです。

 桂報告書の10Pですが、この文言を読んで内容を理解出来る人がいるでしょうか。
結局、検証の結論が書いてないのです。

wakayama129sv3

 『129/Sv-Carrying Roza26 GFPは論文に使われていたが実験記録や飼育記録がないので、これを使ったとあるのは誤記でここで言及されてるSTAP幹細胞はAC129であった可能性。』

 つまり論文に示された「
129/Sv-Carrying Roza26」から樹立したSTAP幹細胞は若山博士はAC129であった、可能性を説明したとあります。
若山博士は「STAP細胞実験において、詳細な記録を取った」としていますから、そのような実験担当者が曖昧模糊な記憶と記録で検証委員会にコメントしてる事が驚きですし、生物学の世紀の大発見であるSTAP細胞実験の論文を『誤記』ですませてしまうルーズな裁定に驚きます。
でも小保方博士は若山博士から指示された画像を貼ったら「不正」認定で60万のネイチャーへの投稿料を自腹で支払った訳ですよね。

 私は何人かの記者さんからあの桂報告書は「二人にとって公平だ」との感想を聞きました。これのどこが「公平」なのでしょうか。

 若山博士の責任であるLetter論文に使われた「可能性」(苦笑)のSTAP幹細胞(AC-129−1と2)
を若山博士は解析に出した。それはSTAP-MTAでは試料名は129/Svで
(AC-129−1と2)を作った事になっています。で、解析したら中身は129B6F1で、(129×B6マウス)の遺伝子的背景だった。
だからマウスをすり替えられた、実験不正があった、としたのがネイチャー論文撤回理由でした。

 しかしこのLetter論文Fig.4に示された実験結果のマウスは(129×B6マウス)が使われています。
ですので、129/Svで本当に実験があったかどうか非常に怪しい、と木星は書いています。

 STAP-MTAに示された移管試料129/Svはそもそも中身が129B6F1で、それと知りつつもわざと解析に出して、小保方博士に実験ねつ造の疑義が全てかかるように仕組まれた会見だった、という推論はいささかも揺るぎません。

 ですので、(STAP-MTA-試料129/Sv=元々129×B6=129B6F1) の公式は維持します。
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